二代健保常見問題
補充保費採取 『就源扣繳』 的方式，投保單位（公司），在給付就應先扣取補充保費，民眾不需要自行繳交，不會有未繳費的情況。
二代健保屬於個人綜所稅的列舉扣除額項目的保險費，二代健保無限額可以全額作為所得稅的列舉扣除額。
加班費如果是在免稅時數（每月46小時，不包含例假日），屬免稅加班費，公司與員工均免繳補充保險費，稅時數部分是應稅家加班費，則公司與員工均須繳補充保費。
- 獎金只所得稅法規定的薪資所得項目，且未列入投保金額計算之具獎勵性質之各項給予，如年終獎金、紅利等。
- 補助性質之給與或代金，不列入扣繳補充保險費獎金項目：例如結婚補助、教育補助費、喪葬補助、學分補助、醫療補助、保險補助、交際費、差旅費、差旅津貼、工作服代金、作業用品代金、慰問金、補償費等：但若為薪資所得50，則須列入地34條薪資所得總額計算單位補充保險費。
- 公司扣費義務人為依歸扣繳個人（保險對象）應負擔之補充保險費者，健保局（保險人）得限期令其補繳外，按下列處罰：
- 於限期內補繳：1倍（按應扣繳之金額1倍之罰鍰）
- 未限期內補繳：3倍（按應扣繳之金額3倍之罰鍰）
健保局可從扣繳憑單里追查出來，加上二代健保修法，健保局可以調資料。
- 依照扣繳全民健康保險扣取及繳納補充保險費辦法第9條規定，扣費義務人如有溢扣保險對象補充保險費時，保險對象得於扣取日之次月6個月內，向扣費義務人申請退還;逾6個月後，則向健保局申請退費。
- 保險對象遺失補充保險費扣繳憑證者，可向扣費義務人申請補發。
- 獨資資本主（行號老闆，如企業設、商行）每年自其獨資經營事業所得之盈餘總額，非屬應扣補出保險費的股利所得，免予扣費。
- 屬公司（含1人公司）股東所獲分配之股利總額，則應扣取補充保費。
公司負責人不在公司投保，便無列入投保金額計算保險費部分可以扣除，所以要按全數股利所得計算扣繳補充保險費。
雇主或自營業主（負責人）係以營利所得為投保金額計算一般保險費，當計算其股利所得補充保險費時，為避免重複計算，應以減除已列入投保金額計算保險費部分之股利所得來計費，不可以再減除其薪資所得。
- 董監事為公司員工（在公司投保健保）：所領取車馬費，如非屬獎勵性質者，不需扣取補充保費。
- 董監事非公司員工（未再公司投保健保）：所領取車馬費如達一定金額時，應於給付時，由公司代扣個人補充保險費。
若承租人使用，由出租人代收轉付之水費、電費、電話費等費用，尚非屬出租人之租金收入，不列入補充保險費計收範圍。
